Hola Judith,
Te cuento de forma sencilla cómo va esto. Si eres autónoma y estás de alta en la Seguridad Social, puedes pedir la baja médica igual que cualquier trabajador, pero hay algunas diferencias en la gestión. Lo primero que necesitas es que el médico —ya sea del sistema público o de tu mutua, según lo que hayas elegido al darte de alta— te dé el parte de baja. A partir de ahí, debes enviar ese parte a tu mutua o al INSS, según quién te cubra.
La prestación económica por estar de baja empieza a contar desde el cuarto día si es por enfermedad común. Si es por accidente laboral, la cobertura empieza desde el primer día. Para que te la concedan, tienes que estar al día con tus cuotas y, en caso de enfermedad común, haber cotizado un mínimo de 180 días en los últimos cinco años.
Si estás afiliada a una mutua colaboradora, ellos serán quienes gestionen y paguen la baja. Si no elegiste mutua y estás con el INSS, entonces lo hace la Seguridad Social. Y si estás con MUGEJU, como es un régimen especial, el procedimiento cambia un poco, porque tienen sus propios médicos y reglas. En ese caso, lo mejor es que consultes directamente con ellos.